К концу XVIII в. на Курилах появились русские поселения из ссыльных и добровольцев. Также, наряду с поселениями айнов («мохнатых»), были основаны японские фактории и укрепленные пункты с воинскими гарнизонами. В 1769 г. сотник Иван Чёрный получил известие о том, что японцы живут на Кунашире, где у них на дальней лопатке устроен город с крепостью и постоянным гарнизоном.
Ослабленная Крымской войной, в 1855 г. Россия подписывает Симодский трактат и отдает Японии часть Южных Курил, включая остров Кунашир. Японский предшественник Южно-Курильска - селение Фурукамаппу - располагался в северо-восточном углу бухты того же названия. В селении вместе с примыкающими к нему селениями Окинокотан и Исоянбецу было 50 домов. Имелась почта с телеграфом и магазины. Во времена японской администрации (1855-1945 гг) на острове были основаны и другие поселения.
Южно-Курильск
Кунашир был освобожден 1 сентября 1945 года в результате Курильской десантной операции. Рота автоматного батальона 113-ой стрелковой бригады 87-го стрелкового корпуса 2-го Дальневосточного фронта высадилась возле Фурукамаппу, на берегу их ждал с белым флагом командир японского батальона: располагавшийся там гарнизон капитулировал без боя. 2 февраля 1946 г. остров был включен в состав Южно-Сахалинской (ныне Сахалинской) области СССР, был основан поселок Южно-Курильск. Из состава 113-й стрелковой бригады на острове комплектовался первый аппарат Южно-Курильского горисполкома и всех служб гражданской власти. Первым председателем райисполкома был командир батареи артдивизиона капитан Бабухадия.
После освобождения развернулось активное строительство силами советских военных и японских военнопленных, которые содержались на Кунашире в отдельном лагере.
По решению советского правительства все японское население летом 1947 года было репатриировано с Курильских островов в Японию, на Хоккайдо. К тому времени на Курилы прибыли многие переселенцы и сезонные рабочие из разных регионов Советского Союза. Рыбное хозяйство Кунашира и Шикотана стало наращивать свое производство и повышать отдачу.
После цунами 1953 года Южно-Курильск и многие коммунальные объекты были выстроены заново на уровне примерно на 30 м выше прежнего и получили название «нового района». После того как землетрясение 1994 года в открытом море к востоку от острова Хоккайдо принесло и новым постройкам огромный ущерб, жилые и другие дома опять были выстроены на новом месте.
Южно-Курильск - крупный порт сейнерного флота, принимает крупные пассажирские суда. Недалеко от города расположены Южно-Курильский рыбообрабатывающий комбинат. Богатая экзотическая природа, минеральные и грязевые источники делают остров Кунашир и город Южно-Курильск центром туризма Курильского региона, чему способствует и удобство сообщения воздушным (Аэропорт Менделееве - менее 20 км от города) и морским путем с материком и другими о островами Курильской гряды.