Город основан в 1751 г. Панах-Али бек, сын Ибрагим-Халила Джеваншира, служивший при Надир-шахе и скрывавшийся впоследствии в Шеки и Ширване, провозгласил себя ханом Карабахским, где правил в 1748-1759 гг. Панах-Али хан сначала построил крепость в местечке Баят, затем у источника Шах-булагы. Армянский мелик Варанды, Мелик-Шахназар, враждовавший с другими меликами, первым из армянских меликов признал власть Панах-Али хана и предложил ему место для новой и более надежной крепости; последний построил на этом месте крепость и, переселив в неё население близлежащего армянского села Шушикент, Шахбулага и еще нескольких деревень, избрал ее местом своего постоянного пребывания. В дальнейшем Панах-Али хан подчинил своей власти армянских меликов Карабаха и распространил свою власть на значительные территории, периодически включавшие Гянджинское, Эриваньское, Нахичеванское и Ардебильское ханства
Город вначале назывался Панахабад в честь своего основателя, а в дальнейшем стал называться Шуша, по имени близлежащего селения Шушикент.
Шуша
По сообщению некоторых армянских источников, Шуша была основана на месте более раннего (со средних веков) армянского укрепления Шошва Снах и это мнение недавно получило археологическое подтверждение после того, как армянскими археологами раскопана часть стен армянской крепости, к которой примыкает Шушинская крепость XVIII в., а также армянские средневековые могильные хачкары и даже керамику античной эпохи, демонстрирующую, что территория была непрерывно заселена с древности. Тем не менее данная информация не имеет независимого подтверждения. По сообщению Мирза Джамала Карабаги, до основания города Панах-Али ханом на этом месте «не было никаких жилищ. Это место было пашней и пастбищем, принадлежавшими жителям Шушикенда, расположенного в шести верстах восточнее крепости».
Впоследствии город прославился героической обороной от нашествия иранской армии (Ага Мухаммад-хана) в 1795. До 1823 г. Шуша оставалась столицей Карабахского ханства. С 1813 (фактически с 1805) в составе России.
В современном городе Шуша расположены предприятия радиоэлектронной и легкой промышленности; фабрика музыкальных инструментов. Шуша также сохраняет свой статус старинного центра ковроделия. Близь города располагается горноклиматический и бальнеологический курорт.
Шуша имеет статус историко-архитектурного заповедника. Имеются музеи: истории города, историко-этнографический «Каменное творчество». Дома-музеи У. Гаджибекова и М. Бюль-Бюля.