История Няндомы начинается с конца XIX века.Зарождением населённого пункта с названием Няндома относится к началу строительства в 1894 году узкоколейной железнодорожной дороги Вологда – Архангельск, которое вело акционерное общество Московско - Ярославской железной дороги, возглавляемое Саввой Ивановичем Мамонтовым- известным русским предпринимателем и меценатом.
Памятник в Няндоме
Своё название Няндома получила от маленькой речки, которая здесь протекает. В переводе же с финно-угорского языка слово «Няндома» означает «богатая земля».
Тогда, в 1895 году, при закладки станции был построен «жилой дом», времянки, землянки. Вырубался лес, расчищалось место под застройки.
Осенью этого же года были уложены первые рельсовые пути, сделана закладка вокзала и церкви. Регулярное движение поездов по линии Вологда – Архангельск открылось в 1898 году.
Телефонной связи не было, и единственным средством связи был телеграф. Поезда отправлялись по поездным телеграммам, которые вручались под расписку главному кондуктору и машинисту паровоза.
21 января 1902 года церковь освятил священник Павел Казанский, отец святого митрополита Петроградского Вениамина (Казанского), расстрелянного большевиками в 1922 году. Зосимо-Савватиевская церковь была новым, девятым приходом- Няндомским, в Нименском погосте (ныне Андреевская администрация Няндомского района). Служба в этом храме прервалась в марте 1928 года.
Строительство станции продолжалось. Были заложены и выстроены новые бараки, а позднее и дома .В 1904 году в Няндоме было построено узкоколейное паровозное депо. В 1905 году в Няндоме проживало до 1000 постоянных и 300 временно рабочих, было 28 домов. Работало паровозное депо на пять стоил, с кузницей и механической мастерской. В память о трудовых и боевых подвигах няндомских железнодорожников в годы войны на месте старого вокзала в 1989 году на вечную стоянку установлен паровоз военной поры.
В начале 90-х годов сдан современный больничный комплекс - туда из старого здания переместилась железнодорожная больница. Идут работы по электрификации Няндомского участка железной дороги, вместо тепловозов с 1 ноября 1998 года в Няндому стали ходить электровозы.
После двухлетнего перерыва возобновила работу крупнейшее предприятие Няндомы- бройлерная фабрика.
Решено восстановить церковь Зосимы и Савватия, бывшую когда-то украшением Няндомы.