Елабуга известна с XVI века. В 1552 году, после взятия Казани Иван Грозный прислал в дар "пригородку на Елабуге" икону Трех Спасителей. С тех пор крепость и окружавшие ее села в устье реки Тоймы, получила название Трехсвятского. На протяжении своего 150-летнего существования вел Троицкий монастырь скрытую борьбу за главенство над краем с Трехсвятским. Но в 1764 году царским указом монастырь был упразднен.
В XVII веке Трехсвятское было царской вотчиной. Оно было укреплено рвом и деревянной стеной, а внутри него находился замок-кремль, на территории которого располагалась соборная церковь, канцелярия и дом управителя. Устройство башен крепости традиционное - внизу ворота с коваными и бревенчатыми запорами, а наверху помещение с бойницами для стражи.
Елабужский пединститут
В царствование Петра I расширялась торговля, укреплялись купеческие права, развивалось мануфактурное производство. В 1708 году село Трехсвятское стало центром большой Елабужской волости. На Елабуге стали появляться в это время первые небольшие заводы по изготовлению свечей, литью колоколов. В 1710 году проживавшими здесь военнопленными шведами был построен Саралинский государственный медеплавильный завод и организована добыча меди. В 1732 году возобновил свою работу основанный при Петре I Елабужский завод.
Осенью 1773 года началась крестьянская война под предводительством Емельяна Пугачева. Трехсвятское и окрестные села оказались вовлеченными в нее.
В 1780 году было учреждено Вятское наместничество из 13 уездов, одним из которых стал Елабужский уезд. 11 сентября (по старому стилю) 1780 года село Трехсвятское, имевшее к тому времени три церкви (одну каменную и две деревянные), три медеплавильных завода, 376 дворов и 1800 человек населения, состоявшего из дворцовых крестьян с большой прослойкой торговцев, было преобразовано в город.
В 1812 году прославилась уроженка Елабужского уезда Надежда Андреева Дурова (известная кавалерист-девица).
В 1833 году средствами Ивана Васильевича Шишкина (отца известного художника) в Елабуге появился первый водопровод.
После большого пожара в 1850 году город был перестроен. Еще до пожара в начале XIX века деревянная Елабуга начала менять свой облик: деревянные храмы заменялись белокаменными. В 1815 г. построена была Покровская церковь, в 1818 г. - Никольская (двухэтажная, домашняя церковь купцов Стахеевых), в 1820 - 1821 гг. Спасский Собор; Троицкая церковь в 1830 г.
В 1840 году в Елабужском уезде родился Петр Ушаков, известный изобретатель. В 1857 году в семи километрах от города в селе Сарали родился будущий великий учёный Владимир Бехтерев. В 1941 году в Елабуге покончила с собой великая русская поэтесса Марина Ивановна Цветаева.